根据犬窝咳的严重程度，先了解狗的免疫情况，调查犬窝咳的病毒病，如犬流感病毒、犬副流感病毒、犬瘟、腺病毒2型等。其次辨别窝咳分为干咳和湿咳，如果狗没有感染病毒，可喂食适当的抗生素，如含有阿奇霉素或盐酸多西环素等成分的药品，咳嗽多痰服用盐酸氨溴索口服液。如果狗感染病毒，在使用抗生素的基础上使用抗病毒药物，如利巴韦林注射液、犬瘟单克隆抗体、干扰素。如果窝咳严重或久治不愈，最好进一步检查胸部x光片是否有肺炎，然后进行相应的治疗。
狗狗被诊断患上了犬窝咳之后，可以喂一些抗病毒的口服液，也可以给狗狗口服一些止咳的药水，同时，配合吃一些百畜服宁，铁草多西环素片等消炎的药物。犬窝咳比普通感冒复杂很多，病程长，不易治愈，只有对症下药，治疗效果才能更好。
一般治疗是抗病毒、降热、消炎、止咳、抗菌，抗病毒一般选择利巴韦林，抗菌选择阿奇霉素或者好的头孢，降热可以使用氨基比林，止咳用氨茶碱，同时使用免疫增强剂干扰素和黄芪多糖，剂量一般根据说明书的儿童剂量或体重计算。如果两三天不吃不喝，建议输液补充糖盐水。
